Les rapports entre napoléon et la papauté ont toujours été marqués du sceau conflictuel.

En acceptant de ratifier, le 15 août 1801, le Concordat conclu entre Rome et le gouvernement français, Pie VII s’engageait dans la voie de la normalisation des relations entre le Saint-Siège et la France. Mais l’indépendance de l’église de France et sa soumission au pouvoir civil n’étaient pas du gout du souverain pontife. C’est pour tenter d’obtenir l’abrogation des Articles Organiques qu’il accepte de venir sacrer Napoléon Empereur des Français le 2 décembre 1804. En vain, Napoléon restera sur ses positions.

Les relations entre l’Église et l’Empereur se détériorent brutalement après le refus du pape de prononcer le divorce entre Jérôme Bonaparte et Elizabeth Patterson en 1805. L’Empereur reprend sa politique expansionniste, prend le contrôle d’Ancone, de Pontecorvo, de Bénévent et de Naples après la Bataille d’Austerlitz, faisant de son frère Joseph Bonaparte le nouveau monarque de la région.

La question du blocus continental sera une nouvelle occasion d’hostilité entre les deux souverains : L’Empereur veut inclure les États pontificaux dans son système continental dirigé contre l’Angleterre : « Votre Sainteté est souveraine de Rome, mais j’en suis l’Empereur; tous mes ennemis doivent être les siens », écrit-il au pape le 13 février 1806. Mais le Souverain Pontife refuse d’adhérer au Blocus Continental. La répression ne se fait pas attendre: les États de l’Église sont bientôt réduits au Patrimoine de Saint Pierre (1806-1808); Pie VII est forcé de démettre le cardinal Ercole Consalvi de ses fonctions de secrétaire d’État, Rome est occupée militairement (2 février 1808); les États pontificaux sont annexés à l’Empire (17 mai 1809); Pie VII répond, le 10 juin 1809, par une bulle d’excommunication.

Dans la nuit du 5 au 6 juillet, le général Radet arrête le pape avec le cardinal Bartolomeo Pacca, son secrétaire d'État, le fait monter dans un carrosse escorté par des gendarmes et le conduit prisonnier à la chartreuse de Florence, puis à Alexandrie et à Grenoble. Amené ensuite à Savone, le pape y sera gardé jusqu’en juin 1812.

En 1812, avant de partir pour la campagne de Russie, Napoléon fait transférer secrètement Pie VII à Fontainebleau. Le 12 juin 1812 le docteur Balthazard Claraz sauve la vie du pape Pie VII, alors que, malade et épuisé, il venait de recevoir l'extrême-onction à l'hospice du col du Mont-Cenis lors de son transfert de Savone à Fontainebleau.

Le 19 juin 1812, le pape Pie VII arrive au château de Fontainebleau. Le souverain pontife y restera enfermé pendant les dix-neuf mois qu'y durera sa déportation. Vaincu par l’opiniâtreté de l’Empereur, le pontife consent à signer, le 25 janvier 1813, un nouveau concordat, par lequel il abdique sa souveraineté temporelle, une partie de son autorité spirituelle, et consent à venir résider en France (Napoléon avait prévu d'installer la résidence du pape dans l'île de la Cité, à Paris). Toutefois, à l’instigation de Consalvi et de Pacca, il se rétracte peu de temps après, le 24 mars 1813, et est de nouveau traité en prisonnier d’État. Napoléon entreprend alors des contacts directs avec son prisonnier. Pour toute réponse, le pontife, qui a cerné son jeu, lui répond « Commediante ! Tragediante ».

Le 19 janvier 1814, Napoléon est contraint de restituer ses États pontificaux. Le 23 janvier, Pie VII quitte Fontainebleau et rentre triomphalement à Rome le 24 mai 1814, rétablissant dans la foulée Ercole Consalvi dans les fonctions de secrétaire d’État. Son retour au Vatican a lieu le 7 juin 1815 mais sera de courte durée : Murat, roi de Naples, envahira les États pontificaux pendant la campagne des Cent-Jours, obligeant le pape à se réfugier à Viterbe puis à Gênes. Il retournera définitivement dans son palais du Quirinal le 22 juin 1815.


Il sera le dernier Pape avant Jean-Paul II à se rendre sur le sol français.


Mémoires du cardinal Pacca sur la captivité du pape Pie VII, et le concordat de 1813, Paris, Ladvocat, 1833